读研一年半的一些总结和感想

¶读研一年半的一些总结和感想

研二下学期开学已经有快两个月了。三年的时间已过去了一大半。 有点感慨，现做一些总结。

¶研一：

麻木的上课和看论文。论文主题是基于结构的药物设计，具体是三维空间中，基于目标蛋白质的小分子配体设计。研一结束的暑假开始着手修改代码，尝试加老掉牙的交叉注意力机制来练习，未果。

¶研二上：

¶开学

找了个巨牛鼻的论文代码Targetdiff，用实验室的4060ti16G显卡跑了一个星期都没跑完，直接放弃了。讲实话，代码都没看懂，更不用说改了。

¶后来研一上学期快结束

找了另一个论文代码MolCRAFT，用学院的3090跑了2天半，大喜。于是疯狂魔改此模型。然而，代码不咋会改。主要有以下几个问题：

1. 不清楚数据集和训练过程中各张量的数据结构

   • 导致张量维度对齐困难。

2. 不理解训练中的数据流

   • 包括批次和掩码的操作。

3. 不会分析训练结果和验证步骤

   • 由于过拟合的干扰，难以选择最优结果（可以参考 wandb 的可视化展示）。

¶元旦前一段时间

慢慢改好代码。

¶寒假开始

分析出效果变好了一些些。

¶研二下：

¶开学一个月

写好了论文初稿和各种补充实验。

¶现在

还在改进模型，希望模型性能进一步得到提高。

¶感想：

有点难绷，没有先紧后松，导致现在有些被动。不过经历了最近小半年的学习和尝试，毕业应该不成问题了，苦笑。接下来就是各种看论文，想点子，改代码了。

哲学家叔本华说：“越是不顺的时候，越要沉住气，做足够多的努力，才能让自己有足够多的选择。”其实想想，01年的我现在研二，沉住气的时间还是很多的。